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在結構上，PEG鏈連接在菁染料分子上，末端的巰基使其具有了與生物分子進行化學反應的能力。巰基是一種高活性的化學基團，可以與含有活性巰基的生物分子（如蛋白質、多肽等）或生物材料（如金納米粒子）發生反應，形成穩定的共價鍵。這種特性使得Cy3-PEG-SH能夠用于生物分子的熒光標記和生物材料的表面修飾。

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