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Biotin-Cy5 廣泛用于生物醫學研究，特別是在生物分子的熒光標記和成像中。其生物素部分能夠特異性結合到鏈霉親和素，廣泛用于生物分子的捕獲和檢測。例如，在蛋白質組學研究中，Biotin-Cy5 可以用于標記蛋白質，然后通過鏈霉親和素珠子進行捕獲和分離。Cy5 的近紅外熒光信號可以穿透較厚的組織，適合深部組織成像。

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