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這種化合物廣泛應用于生物醫學研究和熒光成像。在生物醫學領域，Cy3-PEG-Aminooxy可用于標記和修飾生物分子，如蛋白質、抗體等。例如，通過氨基氧基與生物分子上的醛基或酮基反應，可以將Cy3熒光團引入生物分子，實現生物分子的熒光標記和檢測。在細胞生物學中，Cy3-PEG-Aminooxy可用于熒光成像，實時監測生物分子的動態變化。例如，通過熒光顯微鏡觀察，可以研究生物分子在細胞內的分布和代謝過程。

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